Metamorfosiskyrkan
I hamnen i Pythagorion, högt uppe på en kulle, hittar du Lykourgos Logothetis borg. Alldeles intill ligger Metamorfosiskyrkan från 1831, och om du besöker kyrkan undrar du kanske vad som döljer sig i boxarna med foton och namn. Svaret är dödskallar. Enligt en grekisk tradition grävs nämligen gravarna upp efter 6-10 år. När benen blivit vita menar man att den döda blivit fri från sina synder och man placerar skallen i kyrkan. På hotellen Evripili och Polixeni bor du med ett bekvämt gångavstånd från borgen och kyrkan.
Heratemplet
Heratemplet, som var ett av antikens mest betydelsefulla tempel, är i dag en av Samos främsta sevärdheter. De fina tempellämningarna ligger i Ireon väster om Pythagorion, cirka tio minuter från flygplatsen. Under åren har templet förstörts flera gånger, men byggts upp igen.
Timiou Stavros
I klostret Timiou Stavros, som byggdes på 1500-talet, bor i dag tre munkar. Här finns också två mytomspunna källor – om du tvättar dig i vattnet sägs du bli fri från alla dina synder. Klostret ligger efter Chora på vägen från Pythagorion, om man svänger upp till höger efter Mavratsei.
Megali Panagia
Det här är Samos största kloster, byggt på 1500-talet i bysantisk stil. Det är känt för sina vackra väggmålningar och träikoner. Klostret har en spännande historia: det sägs att munkarna Dionysos och Neilos hittade en ikon här som de bar med sig. Morgonen därpå var ikonen borta, men efter att ha letat överallt fann de den åter på fyndplatsen. Platsen ansågs så helig att man lät bygga ett kloster här. Klostret ligger mellan byarna Myli och Kourmaradei på centrala Samos.